Geringe Spuren nicht bewilligter GVO in Lebensmitteln können toleriert werden. Voraussetzung ist, dass diese Spuren auf unbeabsichtigte Vermischungen zurückzuführen sind und einen Schwellenwert von 0.5% pro Zutat nicht überschreiten. Ausserdem müssen die GVO in einem anderen europäischen Land ein Bewilligungsverfahren durchlaufen haben. Rechtliche Grundlage sind Artikel 23 der Lebensmittel- und Gebrauchsgegenständeverordnung (LGV, SR 817.02) und Artikel 6a der Verordnung des EDI über gentechnisch veränderte Lebensmittel (VGVL, SR 817.022.51). Bis jetzt wurden die gentechnisch veränderten Maislinien NK603, GA21, 1507 und 59122 auf die Liste der tolerierten Materialien aufgenommen. Die EFBS erhält vom zuständigen Bundesamt für Gesundheit BAG deren Bericht zur Lebensmittelsicherheit von Spuren gentechnisch veränderter Maislinien zur Stellungnahme unterbreitet. Sie äussert sich primär zur biologischen Sicherheit und beurteilt mögliche Auswirkungen auf Mensch und Umwelt. Die EFBS kam bei allen vier Gesuchen zum Schluss, dass die Toleranz von Spuren der gentechnisch veränderten Maislinien kein Risiko für Mensch und Umwelt darstellt.

In der Schweiz besteht bis Ende 2017 ein Moratorium für den kommerziellen Anbau von gentechnisch veränderten Pflanzen (GVP). Trotzdem eingereicht werden können aber Gesuche um das Inverkehrbringen von GVP als Nahrungs- und Futtermittel. Die EFBS hat zu mehreren solchen Gesuchen Stellung genommen. Viele davon sind noch bei den zuständigen Bundesbehörden in Bearbeitung. Die Stellungnahmen der EFBS können erst dann veröffentlicht werden, wenn der Entscheid der zuständigen Bundesbehörde vorliegt.

Die EFBS beurteilte mögliche Auswirkungen auf Mensch, Tier und Umwelt. In Bezug auf die Umwelt berücksichtigte sie dabei primär allfällige Auswirkungen, die durch den Verlust gentechnisch veränderter Körner während des Transports oder durch die Vermischung konventionellen mit gentechnisch veränderten Saatguts entstehen können.

In der Schweiz wurden bislang eine gentechnisch veränderte Sojasorte und drei gentechnisch veränderte Maissorten als Nahrungs- und Futtermittel zugelassen.

Soja 40-3-2

Seit 1996 ist in der Schweiz die gentechnisch hergestellte Sojalinie "Roundup Ready" als Lebens- und Futtermittel zugelassen. Die Sorte ist resistent gegen das Herbizid Roundup mit dem Wirkstoff Glyphosat. 2002 wurde eine Verlängerung der Zulassung bewilligt und 2006 ein erneutes Verlängerungsgesuch eingereicht. 

In ihrer Stellungnahme vom 14.03.2002 erklärte sich die EFBS mit einer Verlängerung des Gesuchs einverstanden:

Stellungnahme der EFBS zu einer Verlängerung der Zulassung für die Sojalinie "Roundup Ready"

Mais

In der Schweiz sind drei Linien von gentechnisch verändertem Mais für die Lebens- und Futtermittelherstellung zugelassen. Zwei Gesuche (Bt11 und Bt176) wurden von der Firma Novartis eingereicht, eine dritte Sorte (Mon810) wurde von Monsanto in Verkehr gesetzt. Die ursprünglichen Bewilligungsgesuche gehen auf die Jahre 1996-1998 zurück, wurden also vor dem Inkrafttreten des Gentechnikgesetzes und der Freisetzungsverordnung eingereicht. Die EFBS hat zu den Gesuchen Stellung genommen und ist zum Schluss gekommen, dass die Verwendung dieser Maissorten als Nahrungs- und Futtermittel keine negativen Einflüsse auf Mensch, Tier und Umwelt hat.

Mais Mon810 enthält ein Gen, das die Pflanzen gegenüber Maiszünslerlarven resistent macht.

Bt11-Mais enthält zwei neue Gene, die dazu führen, dass die Pflanzen einerseits gegen die Larven des Maiszünslers resistent sind und andererseits eine Toleranz gegenüber dem Herbizid Glufosinat aufweisen.

Bt176-Mais unterscheidet sich von konventionellen Sorten durch die Expression eines zusätzlichen Gens, das ihn gegen den Befall durch Frassinsekten schützt.