La CFSB ha il compito di consigliare le autorità svizzere in materia di protezione dell'uomo, della fauna e della natura nel campo della biotecnologia e dell'ingegneria genetica.
 
La CFSB, una commissione amministrativa permanente della Confederazione, assiste il Consiglio federale e gli Uffici federali nell'elaborazione di leggi, ordinanze, direttive e raccomandazioni. Consiglia le autorità cantonali e federali nell'attuazione delle regolamentazioni. Consegna le prese di posizione concernenti le domande di autorizzazione e pubblica le raccomandazioni in merito alle misure di sicurezza per i lavori a contatto con organismi geneticamente modificati o patogeni.

Un ulteriore compito consiste nell'informare l'opinione pubblica sugli importanti sviluppi in materia di biosicurezza. La CFSB informa il Consiglio federale e l'opinione pubblica regolarmente mediante un rapporto d'attività.