Lorsque des organismes pathogènes ou génétiquement modifiés sont utilisés dans des laboratoires, des installations de production, des serres ou d'autres types de milieux confinés, des mesures doivent être prises pour protéger l'homme et l'environnement. Celles-ci sont définies dans l'ordonnance sur l'utilisation confinée, ainsi que dans l'ordonnance sur la protection des travailleurs contre les risques liés aux microorganismes.

Les activités impliquant des organismes pathogènes ou génétiquement modifiés sont soumises à autorisation lorsqu'elles présentent un risque modéré (classe 3) ou élevé (classe 4). Pour évaluer les demandes, l'autorité fédérale compétente sollicite une prise de position de la CFSB. Ces prises de position ne sont généralement pas publiques.

En outre, la CFSB émet des recommandations sur l’utilisation d’organismes génétiquement modifiés ou pathogènes. Elle s’exprime notamment sur la classification de différents organismes et évalue les mesures de sécurité.