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En Suisse, aucune plante génétiquement modifiée ne peut être cultivée comme denrée alimentaire ou comme fourrage. Dans ses prises de position, la CFSB se contente donc principalement d'évaluer les conséquences pour l'environnement que pourraient avoir des grains génétiquement modifiés égarés lors de leur transport, ou encore la présence de semences génétiquement modifiés parmi les semences conventionnelles.
En Suisse, depuis 1996, la ligne de soja produit génétiquement « Roundup Ready » est autorisée comme denrée alimentaire et comme fourrage. Cette variété est résistante à l'herbicide Roundup, dont la substance active est le glyphosate. En 2001, la société Monsanto a déposé une demande de prolongation de l'autorisation.
Dans sa prise de position du 14 mars 2002, la CFSB approuve la prolongation de l'autorisation:
En Suisse, trois lignes de maïs génétiquement modifié sont autorisées comme denrée alimentaire et comme fourrage. Deux demandes (Bt11 et Bt176) ont été introduites par la société Novartis. Toutes deux ont fait l'objet d'une prise de position de la CFSB (la troisième variété "Mon810" a été mise dans le commerce par Monsanto).
Le maïs Bt11 contient deux nouveaux gènes qui rendent la plante résistante aux larves de la pyrale du maïs et à un herbicide. Dans sa prise de position du 17 novembre 1997, la commission est arrivée à la conclusion que l'utilisation de maïs Bt11 comme denrée alimentaire pour l'homme et les animaux n'avait pas d'influence négative sur l'environnement (en allemand):
Le maïs Bt176 se distingue des variétés conventionnelles par l'expression d'un gène supplémentaire qui le protège des attaques des insectes ravageurs. Il contient également un gène de résistance aux antibiotiques. Dans sa prise de position du 1er juillet 1997, la commission est arrivée à la conclusion que l'utilisation de maïs Bt176 comme denrée alimentaire pour l'homme et les animaux n'avait pas d'influence négative sur l'environnement (en allemand):
L'Orochol est un vaccin contre le choléra composé de bactéries génétiquement modifiées qui ne sont plus pathogènes. Lors de l'évaluation de la demande déposée par l'ancien Institut sérothérapique et vaccinal suisse, la CFSB est arrivée à la conclusion, dans sa prise de position, que l'Orochol ne présentait pas de risque prévisible pour l'homme et l'environnement (en allemand):
VectoBac est un biopesticide dont la substance active est constituée de spores vivantes de Bacillus thuringiensis israelensis (Bti). Cette bactérie du sol est capable de produire la toxine Bt, qui est utilisée de manière très spécifique pour lutter contre les espèces de moustiques fortement représentées dans certains lieux de Suisse. Dans sa prise de position du 31.07.2005, la CFSB a recommandé la mise dans le commerce de VectoBac (en allemand):
Dernière mise à jour le 04.03.2011