La CFSB a pour tâche de conseiller les autorités suisses en matière de protection de l'homme et de l'environnement dans les domaines de la biotechnologie et du génie génétique.
 
La CFSB est une commission administrative permanente de la Confédération qui conseille le Conseil fédéral et les offices fédéraux dans l'élaboration de lois, d'ordonnances, de directives et de recommandations. Elle conseille également les autorités fédérales et cantonales lors de la mise en oeuvre des réglementations. Elle remet des prises de position concernant des demandes d'autorisation et publie des recommandations concernant les mesures de sécurité relatives à la manipulation des organismes génétiquement modifiés ou pathogènes.

Une autre tâche de la CFSB est l'information du public sur les développements importants en matière de biosécurité. La CFSB publie regulièrement un rapport d'activité destiné à informer le Conseil fédéral et le public.